אולם המאה החמש-עשרה הביאה עימה את האינקוויזיציה, אשר שוב שאפה לשים קץ לתבונת האדם ולניסיונו להשיג הארה רוחנית. אלה שתמכו באמונות שלא היו מקובלות על הכנסייה הקתולית נשפטו ועונו עד שחזרו בהם מ"דעותיהם הכופרות."